在病害流行季节，进行适当的药物预防，是水产养殖生产防治病害发生的重要方法之一。
1、种苗消毒。水生动物种苗在分塘或转入大塘放养前进行消毒，可以防止病害的发生。种苗消毒的方法主要包括：其一，可以在转运过程中在装运种苗的容器中进行。这种方法要计算用药时间和用药浓度；其二，可以在分塘前，全池进行药物泼洒。这种方法成本稍高，但是效果更好；其三，可以食场挂袋挂篓消毒。
2、食场和工具消毒。①食场消毒。投喂饲料的池塘，往往因为残剩饵料没有清除干净，造成水质恶化和病原微生物繁衍。在病号流行季节，应该勤掏食场，清除残余饲料，定期用漂白粉或生石灰化水对食场进行消毒。②工具消毒。在发病池塘使用过的渔网等工具，再到其他塘口使用前为了避免传染，必须经过消毒。最简单的方法是阳光下曝晒一天。小型工具可以用石灰水浸泡，针对草鱼出血病等病毒性病害的传播，还可以用西医风或肥皂处理一小时。
3、全池药物泼洒。这是一种有效的防病和治病方法。定期全池泼洒药物可以起到防病的效果。一般根据往年池塘病害流行情况在发病季节前采用药物全池泼洒进行预防。
4、投喂药饵。这种方法特别是对于草鱼细菌性烂鳃、肠炎，是行之有效而且简单易行的防病手段。在病害流行季节，定期投喂拌有大蒜素的药饵，可以达到预防效果。
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